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新疆惠遠種業股份有限公司成立于2004年，2010年整合新疆西部種業有限公司完成股改，注冊資金5100萬元。公司是育、繁、推、加、銷、服務一體化、股份多元化、用現代企業制度管理的棉花專業公司；是國家高新技術企業、兵團和自治區的科技型企業、農業產業化龍頭企業。

由公司發起，大學、科研單位和棉花產業相關企業等33家單位參與成立的兵團棉花產業技術創新戰略聯盟，聘請了國內頂尖的棉花產業領域的專家，致力于研究提高棉花生產鏈中的品種選育、種植、收獲、加工和原棉貿易各環節的提質增效，為提升新疆棉花產業的國際競爭能力做出新的更大貢獻。

公司總部設在石河子農業高新技術園區，投資1.1億元建設 了公司的技術創新中心。公司在133團投資1億元建成兩條自動化籽棉加工線，年加工籽棉8萬噸；建成兩條現代化的棉種加工線，年加工能力2萬噸，廠區環境優美、設備先進，規模全國第一，配套建設的種子質量檢測實驗室和種子質量追溯系統，保證了生產的每一粒種子都是合格的產品。

公司技術創新中心建筑面積4200㎡，核心育種基地50畝，三圃田100畝。該基地在2024年4月被農業農村部農業轉基因生物安全辦公室批準為轉cp4epsps基因耐除草劑棉花KJDLC517T20506在新疆維吾爾自治區的中間試驗基地。在121團、133團、147團、148團建有穩定的良種繁育基地10萬畝。

公司技術創新中心先后自主選育和推廣了新陸早28號、48號、59號、72號、惠遠720、惠遠722、惠遠1401、惠遠1615、惠遠162 、惠遠1502 、惠遠1615 、中生棉2號、中生棉16號等13個棉花品種，與新疆農墾科學院聯合選育和推廣了新陸早33號、40號、42號、45號、51號、金墾1775等6個棉花品種，與中科院生物所合作選育的中生棉16號成為西北內陸棉區第一個轉基因國審品種。在不同時期為兵團和西北內陸棉區的棉花生產做出過重大貢獻，公司先后承擔了國家科技部成果轉化、科技支撐、農業部良種繁育專項、種子工程提升項目、財政部棉花專項、以及兵團和八師重大科技攻關項目等10余項，獲得兵團和八師科技進步一、二等獎多項。

公司在147團建設的500畝中試基地先后被批準為師市棉花新品種試驗示范基地、兵團棉花新品種試驗示范基地、自治區和國家的棉花品種審定委員會批準為棉花新品種區域試驗基地，農業農村部批準為國家農作物品種展示評價基地，國家市場監督管理總局批準為國家優質機采棉標準化示范區。